Возможно ли выписать несовершеннолетнего ребенка из квартиры

К сожалению, вы не указали ряд важных моментов, как-то как вам досталась квартира, муниципальная квартира это или частная, какое решение принял суд относительно места жительства детей. Все это важно для ответа на ваш вопрос - Как выписать несовершеннолетнего ребенка из квартиры

Потому будем рассматривать разные варианты.
Начнем с решения суда. Если суд оставил детей с матерью, а мать детей постоянно зарегистрирована в жилище где вы проживаете, то говорить о снятии детей с постоянного регистрационного учета невозможно, т.к. они формально прописаны по месту жительства матери. Так что, тут уже необходимо думать о суде с матерью детей о снятии ее с постоянного регистрационного учета ввиду не проживания в конкретном жилище.
А вот тут и возникает несколько проблем. Если квартира муниципальная и вы, и бывшая жена, и дети равноценные наниматели, то необходимо подавать иск о признании граждан прекратившими право пользования, в связи с выездом на другое место постоянного проживания. Но, в данном случае, удовлетворение иска не гарантировано. Т.к. проживают бывшая жена и дети по новому месту жительства недавно, иного жилья на праве собственности у них нет. Другой вопрос, если жилье вами было приобретено до брака, тогда снять жену с детьми с постоянного регистрационного учета намного легче. А вот если жилье приобреталось в браке, тогда ответным ходом от вашей бывшей жены может быть иск о разделе имущества приобретенного в браке.
Если же при разводе вопрос о месте жительства детей не ставился, то необходимо обратиться в суд с исковым заявлением об определении места жительства несовершеннолетних и в рамках или данного процесса, или отдельно ставить вопрос о снятии матери детей с постоянного регистрационного учета.